妇女的外阴上皮细胞中存在糖元，正常生理情况下，寄生有乳酸杆菌。糖元在乳酸杆菌作用下，可产生乳酸，乳酸使阴部呈现弱酸性环境（酸碱度一般为5.5）。乳酸杆菌可以起到防御病原微生物入侵的作用，成为一道抵御细菌的天然屏障。
健康的妇女阴道分泌物可分离出20多种微生物。阴道中主要的常住菌有乳酸杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌、B群链球菌、类杆菌、白色念珠菌、支原体等。乳酸杆菌在阴道自净中起主要作用。用阴道分泌物直接涂片染色，根据革兰阳性乳酸杆菌的百分率，可将阴道分成不同的清洁度，Ⅰ度的视野中大多数为乳酸杆菌，Ⅱ度约50百分，Ⅲ度在50百分以下。正常情况下引导菌群与机体处于共生状态，不引起疾病，当机体的正常防御机能受损导致内源性感染。
有些女性，生殖系统原本健康，却频繁使用中药外洗剂、高锰酸钾溶液等消毒剂来冲洗阴道及外阴，想以此来预防妇科疾病的发生。实际上，这种做法反而可能产生不良后果。这是因为，阴道有“自洁”作用，可在一定程度上保护妇女的生殖系统。如没有用药指征而自行用消毒剂冲洗阴道，就有可能破坏阴道的防御功能。另外，频繁使用中药洗剂和高锰酸钾洗外阴，还可使外阴皮肤的抗病能力下降。经常使用高锰酸钾还可使皮肤油脂减少，皮肤过干，引起外阴瘙痒症。
正确的方法应该是使用清水或者温和的女性专用护理液清洗外阴，而自行的阴道灌洗则应该避免。