计算劳动者的加班工资应以《深圳市员工工资支付条例》第四条规定的标准工资为基数。
劳动者与用人单位在签订劳动合同时约定的工资中注明“已包含加班工资”或实行“月薪”制的，该约定一般应视为有效。此时，劳动者的基本时薪按下列方法确定：
1、约定工作时间超过法定工作时间在36小时以内的，时薪=约定工资÷（21.75天×8小时 +约定超过法定工作时间小时数×150%或200%）；
2、约定工作时间超过法定工作时间在36小时以外的，时薪=约定工资÷（21.75天×8小时+36小时×150%或200%）；
3、如超过法定工作时间中包含了正常工作日及休息日延长工作时间且无法区分的，则劳动者的超过法定工作时间中可一半按正常工作日延长工作时间标准计算，一半按休息日工作时间的标准计算。
劳动者每月约定超过法定工作时间超出36小时部分应当按其基本时薪以法律规定的标准计算加班工资。
如按上述方法计算出劳动者的基本工资低于法定最低工资标准，则该约定为无效。劳动者的工资应以最低工资标准为基本工资，超过法定工作时间为加班时间，加班工资以最低工资标准按法律规定标准计算。